Царские власти постепенно, по мере укрепления своих позиций повели в Башкортостане двойств., политику: официально придерживаясь условий присоединения,встали на путь их нарушения. С сер. 17 в. они приступили к захвату баш. земель. На них строились крепости, с кон. 17 в. - заводы. К нач. 18 в. на терр. башкир появилось 31 укрепление. Земли вокруг них раздавались дворянам, монстырям, купцам, мелким служилым людям, отчасти рус. крестьянам.     

  Уфим. воеводы допускали произвол и насилие по отношению к коренным жителям при сборе ясака и судопроизводстве. Во 2-й пол. 17 - нач. 18 вв. неоднократно предпринимаются попытки христианизации башкир-мусульман. Захват земель, рост налогов и повинностей вызывали недовольство башкир.

  Отстаивая свои земли и свободу, они подавали челобитные на имя центр. власти, зачем многократно - в 1616, 1645, 1662-64, 1681 84, 1704-11 восставали (см. Башкирские восстания 17- 18 вв.). Борьба развернулась на огромной терр., в нее включились все слои баш. нас., их поддержали нерус. переселенцы и подданные соседних ханств. Борьба велась под лозунгами отстаивания условий, на к-рых башкиры вошли в состав России. Царская адм-ция была вынуждена удовлетворять требования восставших. С 30-х годов 18 в. царские власти стали проводить откровенно насильств. колон., политику, что нашло отражение в организации Оренб. экспедиции, в принятии Указа от 11 февр. 1736 и др. законов. Башкортостан был покрыт сетью воен. городков. Только в 30-50-е гг. 18 в. было основано ок. 100 крепостей и редутов. Развернулось стр-во казенных и частных железоделат. и медеплав. з-дов (см. Горные заводы). К кон. 18 в. их насчитывалось 70.

  Баш. земли стали захватываться рус. дворянами, чиновниками, офицерами, купцами, мишарями, солдатами и драгунами. Пр-во содействовало переселениюв Башкортостан из центр. р-нов и Ср. Поволжья всех желающих (купцов, ремесленников, крестьян), обеспечивало их зем. участками. В 30- 50-х гг. 18 в. заметно выросли налоги и повинности населения. Обременит., стала подводная повинность . Башкир обязали содержать почтовые станы, связывавшие Оренбург и Уфу с новыми крепостями. Было запрещено стр-во мечетей,усилен контроль над мусульм. религией и се служителями. Было ослаблено местное самоуправление, прежние наследств, старосты заменялись назначенными царской администрацией старшинами. В 1747 тептярей и бобылей обложили подушной податью, а мишарей ясаком. В 1754 ясак с башкир и мишарей был снят, но их обязали покупать соль из казны по 5 кои. за пуд, что обходилось в 6 раз дороже, чем уплата ясака (см. Восстание 1755-56).

 Предст. местной царской адм-ции систематически злоупотребляли властью. Организацию Оренб. экспедиции башкиры считали нарушением условий присоединения к Рус. гос-ву, вследствие чего башкиры неск. раз (в 1735-36, 1737-38, 1739-40, 1755-56) поднимали восст., к-рые были подавлены с исключит, жестокостью. Тептяри и бобыли, недовольные введением подушной подати, восстали в 1747 (см. Движение тептярей и бобылей). Во 2-й пол. 50-х нач. 70-х гг. 18 в. политикой рус. царизма были недовольны все слои нас.: башкиры, пришлые крестьяне, заводские работные люди, нас. городов,казаки, мелкие служилые.

 Жестокое подавление восст. яицких казаков в 1772 стало поводом для нового их выступления. Восст. было поддержано башкирами, работными людьми з-дов, крестьянами и превратилось в мощную Крестьянскую войну 1773-75. Она стала первой совместной борьбой всех народов края против царизма, дворянства, заводчиков, чиновников. В ней особую роль играли яицкие казаки как инициаторы, башкиры и рус. крестьяне как массовые участники. Из 252 кр. рук. Крест. войны 88 были башкирами. На 1-м этапе Крест, войны половину войска Е.И. Пугачева под Оренбургом составляли башкиры. Они представляли значит, ч. повстанческих отрядов, действовавших на терр. от Волги до Тобола. Осн. терр. борьбы на 2-м этапе движения явились центр. р-ны Башкортостана, а башкиры и рус. заводские крестьяне составили гл. силу повстанцев. На 3-м этапе, после ухода Пугачева на Ср. Волгу, Башкортостан оставался одним из осн. очагов Крест, войны, к-рая продолжалась здесь до кон. нояб. 1774. Крест, война 1773-75 потерпела поражение, однако царское пр-во, напуганное этим движением, внесло коррективы в свою политику в Башкортостане.